国家农业政策分析与决策支持系统始建于2006年，旨在为我国政府解决“三农”问题，实现城乡经济社会协调发展，建设现代农业和社会主义新农村，提供科学有效的决策支持；同时，基于中国的经验，为发展中国家农业政策研究与分析提供咨询服务。自2006年开始，国家农业政策分析与决策支持系统入围首批中央级科学事业单位修缮购置专项资金项目。在中央经费的支持下，农经所在更新数据库、完善模型方法的基础上，针对不断发展的我国现代农业新农村建设的新情况、新需求、新问题，不断完善系统平台功能，通过调查数据或者典型案例对模型结果进行验证，提高预测、评估和分析的精确度、准确性，发挥国家农业政策分析与决策支持系统在政府“三农”决策中应有的支撑作用。2007年该系统被批准为中国农业科学院重点开放实验室。
国家农业政策分析与决策支持系统在国际上首次提出了“国家农业政策分析与决策支持系统开放实验室”的新概念，建成了一个开放性的农业政策分析与决策支持的公共平台，形成比较完整的农业政策效果演示与报告系统，具有可重复、可调整、可计量等特点，实现人机对话、网络开放和平台共享，科学可靠，精确直观，方便实用。基于该系统的很多研究成果已经或正在被国内有关政府部门以及高校科研机构等单位所应用，成果对高层和地方政府的决策过程产生了（着）影响。
持续完善决策支持系统重点实验室建设。“硬件”方面，完成重点实验室设备和设施的升级改造，建成了现代化的无纸化办公系统、远程视频会议系统和可视化决策支持系统。“软件”方面，通过不断完善宏微观决策分析模型、持续更新基础数据库、开发可视化系统，提高了实验室性能和决策的科学性。实验室系统主要包括政策模拟仿真、农业农村经济变化推演、外部冲击（俄乌冲突、中美贸易摩擦）对农业农村影响态势研判等，可广泛应用于模拟外部冲击、优化应对策略、研究政策工具、创新农经模型理论等方面。提前对各项政策对农业农村影响模拟仿真与推演，假定不同情景实现动态演化以及充分考虑不确定性和偶然性的影响，提出经济可行的综合性应对方案，解决政府对政策出台综合预判难的问题，帮助决策者进行决策优化和态势分析。
围绕学科布局、团队发展及科技创新需求，除推进重点实验室软硬件升级外，持续加强完善数据采集基地布局，夯实长期性基础性工作，着力打造软科学特色科研平台体系，为科研工作提供支撑。全方位打造软科学研究“野外台站”。稳步推进中国农村微观数据采集基地建设。截至2022年，数据采集覆盖全国15省、行政村255个、农户8030户，涉及农户数据指标400余个，村、县经济发展数据指标307个；建设中国农业经济与农村发展数据云存储管理平台，实现所有数据的互联互通、跨库检索和共享使用；建成了符合软科学特点的长期观测数据库。
截至2022年底，依托开放实验室成立的中国农业科学院农业经济与政策顾问团编印内参《判断与思考》共126期，其中，91期得到党中央、国务院领导和各部委领导的批示。
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