现代农业的发展不能脱离生态安全和产品安全两个基本要求，因此，农业污染防治应作为现代农业发展的重要任务之一。由于农业污染不同于工业污染和城市污染，面广而隐蔽性强，而且还呈现出复杂的立体化趋势，评估难度大，不适合于建立惩罚型机制。同时，由于农民收入水平低，不可能像对待工业污染那样进行“污染收费”。因此，必须建立激励型补偿机制，从根本上提高农户防控污染的积极性。
    农业污染防治经济补偿机制实质上是对生态建设与保护所付出的成本（包括放弃发展机会的损失）进行补偿。这种补偿机制的建立，促使人们由“谁污染谁治理”的惩罚型理念向“谁受益谁付费、谁治理（保护）补偿谁”的激励型理念的转变，这一转变有利于打破“先污染后治理”的发展模式。
建立农业污染防治经济补偿机制要做好如下几个方面的工作：
    一是合理确定补偿标准。应综合考虑三个方面的因素：一是被补偿者污染防治行为的成本、二是被补偿者污染防治行为产生的经济效益、三是被补偿者污染防治行为产生的生态效益。一般来说，如果被补偿者污染防治行为产生的经济效益不能覆盖其付出的成本，就按实际差额核算基本补偿金，这也是补偿的下限，然后在此基础上，加上针对其产生的生态效益所应补偿的数额（通常占生态效益的一定份额，由补偿主体和被补偿者协商解决）。
    二是多方筹集补偿资金。首先，农业污染防治存在着“市场失灵”问题，无法单纯地依靠市场，而需要政府的介入来弥补市场的缺陷，因此政府财政支付是主要渠道。其次，随着市场机制的健全，补偿资金的市场化筹集将越来越重要，即在可以清晰界定受益者的情况下，根据意愿调查（包括支付意愿和接受意愿）确定不同受益对象的支付标准。
    三是正确选择补偿对象。农业污染防治的补偿对象主要有两类，一是生态建设者，如沼气池的建设与维护者、水源涵养林的种植与管理者。二是生态破坏减少者，如因削减污染导致在品种和生产措施方面受到限制而丧失一定发展机会的农户。
    四是优化组合补偿方式。补偿方式可分为货币补偿和非货币补偿。货币补偿在现实操作中可形成如补偿金、补贴、赠款等方式。非货币补偿采用多样化形式，如提供无偿技术咨询和指导、进行实物补偿等。在实际操作中，常将各种方式组合起来加以综合使用，相互弥补缺陷，优化补偿效果。