国家农业政策分析与决策支持系统始建于2003年，旨在为我国政府解决“三农”问题，实现城乡经济社会协调发展，建设现代农业和社会主义新农村，提供科学有效的决策支持；同时，基于中国的经验，为发展中国家农业政策研究与分析提供咨询服务。

　　该系统应用现代信息技术和经济计量学、数理经济学、公共经济学等相关学科的理论、模型、数据库原理及方法，分别建立了农业政策分析数据库、农业政策分析模型系统和农业政策效果多媒体演示系统，其中农业政策分析模型系统包括农业部门与其他部门均衡模型子系统等12个政策分析子系统。自2006年开始，国家农业政策分析与决策支持系统入围首批中央级科学事业单位修缮购置专项资金项目。在中央经费的支持下，农经所在更新数据库、完善模型方法的基础上，针对不断发展的我国现代农业的新农村建设的新情况、新需求、新问题，不断完善系统平台功能，通过调查数据或者典型案例对模型结果进行验证，提高预测、评估和分析的精确度、准确性，发挥国家农业政策分析与决策支持系统在政府“三农”决策中应有的支撑作用。2007年，该系统被批准为中国农业科学院重点开放实验室（农科院科【2007】304号）。

　　国家农业政策分析与决策支持系统在国际上首次提出了“国家农业政策分析与决策支持系统开放实验室”的新概念，建成了一个开放性的农业政策分析与决策支持的公共平台，形成比较完整的农业政策效果演示与报告系统，具有可重复、可调整、可计量等特点，实现人机对话、网络开放和平台共享，科学可靠，精确直观，方便实用。基于本系统的很多研究成果已经或正在被国内有关政府部门以及高校科研机构等所应用，成果对高层和地方政府的决策过程产生了（着）影响。依托开放实验室成立的中国农业科学院农业经济与政策顾问团至今编印内参《判断与思考》80期，其中，37期得到党中央和国务院领导的批示，2期被“中农办”和国务院研究室转载，13期被《求是》杂志转载或修改后刊登。

　　截止2017年底，基于该系统共完成重大政策决策分析报告近500份，在国内外学术期刊上发表论文近1200篇，出版系列著作50多部，培养博士生和硕士生各100余人，培训高级政策分析人才150余人。