为响应教育部“2011计划”，由清华大学发起，邀请中国农业科学院及北京大学、外经贸大学、南开大学、上海社科院等七家单位联合组建的“两岸经济合作与共同发展协同创新中心”（简称协同创新中心）于2013年12月在清华大学正式成立。中国农科院作为共同发起单位之一，由唐华俊副院长代表在“协同创新中心组建框架协议”上签字，具体相关研究和协调工作责成海峡两岸农业研究中心具体承担。

协同创新中心将整合七家单位的政治经济学、区域经济学、产业经济学、国际经济学、政治学和管理学等优势学科，充分利用两岸学、研、官、产的丰富资源，有序开展高水平、战略性、前瞻性和综合性的学术合作与政策规划，旨在对两岸经济合作、共同发展与协同治理等攸关两岸和平发展与国家统一的重要理论和实践问题进行学术研究和政策规划，深化两岸经济合作与社会交流，夯实两岸和平统一的经济社会基础，力争在5年的时间内，在理论研究、政策创新、人才培养等方面取得系列重要进展，成为具有广泛政策影响和社会影响的一流国家智库，同时也为国家、台湾地区以及相关部门培养一批优秀的学术领军人才和实践领导人才。

2014年1月15日，协同创新中心在清华大学举行了第一次工作会议。海协会常务副会长郑立中、国台办经济局局长徐莽出席会议指导。7家共同发起单位的领导和研究骨干就协同推进两岸关系创新研究的体制机制、运营模式、研究平台、重大研究项目和实践基地规划，以及在两岸扩大协同单位和邀请专家指导等有关事宜进行了深入探讨，在融洽的气氛中达成了具体共识。

郑立中副会长在讲话中强调，两岸关系发展进入和平发展新阶段后，两岸经济合作比以往任何时候都更加迫切，区域合作、产业合作应当上升到一个更高层面。他特别介绍了对台湾农业发展情况的了解，认为台湾地理地貌的多样化形成了产业发展的多样性。台湾农业与文化创意、观光旅游、生物科技、生态文明、社会发展等方面紧密相关，很有特色，很值得研究与借鉴。他反复强调了两岸农业交流与合作在两岸经济、政治、社会生态中的重要性，并对新形势下进一步加强海峡两岸农业交流与合作工作予以高度关注，特别建议在“两岸经济合作与共同发展协同创新中心建设计划”中拟设台湾经济、两岸产业合作、两岸政治经济与社会文化关系、两岸区域发展与治理、两岸涉外经济事务、两岸中小企业合作发展、两岸科技合作创新等七大专业平台基础上，专门增设“两岸农业经济合作与发展研究”平台，强化对两岸农业特别是台湾农业的研究，尤其要与农业部对台工作紧密结合，为政府宏观决策提供支撑。

2014年3月上旬，中国农科院海峡两岸农业研究中心任爱荣主任等以“协同创新中心”为平台，与台湾农渔业产销联盟发展协会就在天津与深圳农产品股份有限公司合作，引进台湾成功经验，建设华北地区“农产品一级拍卖市场”计划进行了深入探讨。同时，三方就建立协同创新合作关系达成了共识，这是深化两岸农业合作与推进市场机制创新的重要进展。在这种协同合作架构下，将有助于海峡两岸农业研究中心深入把握两岸农业发展实际，充分结合产、官、学、研各方资源，务实开展两岸农业经济及产业合作研究。

按照“协同创新中心”建设计划，2014年将是协同创新中心的重要孵化期，也是各专业平台形成团队、凝练目标、协同创新、推出成果的开局之年。中国农科院海峡两岸农业研究中心将在农业部和中国农科院的领导下，认真做好在“协同创新中心”所承担的相关工作，整合资源，凝聚共识，务实开展两岸农业经济合作与发展研究，积极推动对台农业科技交流工作，推动协同创新研究体制与机制顺利运作，不断提高学术和社会影响力，为政府宏观决策提供服务。