2020年度国家自然科学基金立项结果公布，农经所国家自然科学基金项目立项数、资助金额均创历史新高，获资助共8项，资助率32%，其中包括重点项目1项，面上项目2项，青年项目5项，资助经费总额425万元，在农经领域科研机构和高校中位居前列。另外，还获得1项国家社会科学基金青年项目。2020年国家基金立项数达到9项。
近年来，农经所加强基础研究出台了《进一步加强基础研究和学科导向的意见》。建立了基金等竞争性经费项目导向的评价考核机制，研究生招生、绩效考核、职称评审等方面支持引导。加大青年人才培养，2018年起设立杰出人才培育计划、青年人才扬帆计划和国家基金储备计划，为新入职科研人员及青年科研人员提供项目启动基金，支持青年英才组建稳定研究团队，围绕农业农村重点热点难点问题开展持续研究。同时，研究所高度重视国家基金项目的申报工作，按照“三个面向”的要求凝练选题，组织专家对项目申报材料进行把关，多次召开线上线下会议对申报材料进行指导并提出修改意见，提高了申报文本的质量。
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