农经所注重发展与国内外研究机构的交流与合作。在国内，建立了全国农业科研系统农经所交流网络并与国内众多农业大学及科研机构建立了密切的合作伙伴关系。在国际上，农经所先后与美国、日本、澳大利亚、荷兰、法国、英国、韩国等数十个国家的二十多所大学和研究机构开展合作研究与交流活动，得到十几个国际基金组织及机构的资助，并与部分研究机构建立了长期稳定的合作关系。农经所不定期地举办国际国内高层的学术会议，组织专家互访以及举办学术专题报告。

　　近年来，农经所高度重视国际科技合作与学术交流工作。随着科技合作规模不断扩大，学术交流层次不断提升，研究所在国内外的学术地位明显提高，在国内外同行中的影响力也显著提升。2017年，研究所成功申报国家自科基金国家（地区）合作与交流项目两项，在国际合作研究项目方面不断取得新的突破。2009年，农经所承办了第27届国际农经大会，向世人展示了我国发展现代化农业和建设社会主义新农村的骄人成果，极大地密切了我国与国际农经界的交流与合作，为全面拓宽和深化农业经济研究对外合作筑起了广阔平台。此外，农经所还于2003年和韩国农村经济研究院、日本农林水产省农林水产政策研究所达成合作框架，共同举办“东北亚农业政策研究论坛”，由此形成了中、韩、日三国农经研究机构相对稳定的合作机制，就共同关心的农业农村经济发展及政策问题开展合作研究并联合举办学术论坛，迄今共举办了十三届研讨会。研究所积极鼓励大力支持在职职工出国培训、进修、攻读学位，并经常邀请国内外知名专家为在职工做讲座和各种培训，努力打造一支具有国际合作能力的科研人员队伍。2017年，李先德研究员成功当选为第四届联合国粮农组织粮安问题高专组指导委员会委员。